危害水芹菜的害虫有蚜虫，个别年份亦有斜纹夜蛾、小猿叶虫等。

防治方法，一是以农业防治为主，于9月至11月上旬在蚜虫盛发期或斜纹夜蛾幼虫1～2龄期，用大水淹没水芹菜植株30分钟后，水芹菜植株上蚜虫、斜纹夜蛾幼虫及田里的杂物会漂浮于水面，两人及时将粗草绳从田块上风端向下风端拉动，将漂浮水面上的害虫和杂物拉到田边一角，集中人工捞出，放到处理场所后立即喷洒杀虫剂，消灭幼虫和病原物，同时，立即排水至正常需水深度，整个漫灌过程要在3小时内迅速完成，以免水芹菜植株受淹没时间过长影响正常生长；二是生物防治，于9月上旬，斜纹夜蛾初孵幼虫为害前，每667平方米用0.1%阿维·苏云金杆菌(0.1%阿维菌素+100亿活芽孢/克)可湿性粉剂100克喷雾，既能遏制害虫的为害，又能保证水芹菜10天后上市安全无毒、无污染。

水芹菜病害有斑枯病、锈病等，一般新种植区不发生或轻发生。

防治方法，一是农业防治，适时适量增施磷、钾肥，一般每667平方米施用磷酸二铵5～8千克、氯化钾5千克，能显著增强植株的抗病能力；二是药剂防治，在水芹菜发病初期(点片发生且距采收前30天)，每667平方米喷施64%噁霜·锰锌可湿性粉剂100克。